09数量性状遗传分析.ppt

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1、1,数量性状遗传分析,第 九 章,遗传学 第九章 数量性状遗传分析,2,本章重点： 1、数量性状及其特性呈连续变异 的复杂性状的遗传规律及其基因理论 2、遗传率的估算方法 3、近亲繁殖与杂种优势 4、运用通径分析的原理计算近交系数和 亲缘系数的方法,3,9.1 数量性状及其特性 9.2 数量性状遗传分析的基本方法 9.3 近亲繁殖与杂种优势,4,9.1 数量性状及其特性 9.1.1 数量性状的概念 9.1.2 数量性状的多基因学说 9.1.3 阈性状及其特性,5,9.1.1 数量性状的概念 所有能够度量的性状都可称为数量性状 （quantitative character或quantitati

2、ve trait，QT) 数量遗传学（Quantitative Genetics） 生统遗传学(Biometrical Genetics) 统计遗传学(Statistical Genetics,6,1）质量性状与数量性状 质量性状：表型之间截然不同，具有质的差别，用文字描述的性状称质量性状。如水稻的糯与粳，人的A、B、O血型等性状。 数量性状：性状之间呈连续变异状态，界限不清楚，不易分类，用数字描述的性状。如作物的产量，奶牛的泌乳量，棉花的纤维长度等,7,质量性状与数量性状的比较,8,9,数量性状包括两大类： 一、表现连续变异的性状，如牛的泌乳量、农作物的产量、棉花纤维、羊毛的长度等等； 二、

3、表型呈非连续变异，而遗传物质的数量呈潜在的连续变异的性状，即只有超越某一遗传阈值时才出现的性状，如动、植物甚至包括人类的抗病力、死亡率以及单胎动物的产仔数等性状，称为阈性状（threshold character或threshold trait,10,数量性状表型的连续性特点： 第一，一种基因型影响一组表型的表现。其结果模糊了基因型所决定的不同表型之间的差异，因而不能将一个特定的表型归属于一个特定的基因型。 第二，许多不同基因座的等位基因都能使某一种被观察的表型发生改变,11,2）数量性状的特点： 1）数量性状可以度量； 2）数量性状呈连续性变异； 3）数量性状的表现容易受到环境的影响； 4）

4、控制数量性状的遗传基础是多基因系统 数量性状的遗传在本质上与孟德尔式的遗传完全一样，只是需用多基因理论来解释,12,9.1.2 数量性状的多基因学说 （1）实验依据 1909年，瑞典遗传学家Nilsson-Ehle对小麦和燕麦中籽粒颜色的遗传进行研究，发现在若干个红粒与白粒的杂交组合中有如下 A、B、C 3种情况,13,研究后进一步发现： 在小麦和燕麦中，有3对与种皮颜色有关的、种类不同 但作用相同的基因，这3对基因中的任何一对在单独分 离时都出现3/4 : 1/4的比率，而3对基因同时分离时， 则产生63/64 : 1/64的比率。 上述的杂交在F2的红色籽粒中又呈现各种程度的差 异，按红色

5、的程度又可人为地分为： 在A中：1/4 红粒：2/4 中等红：1/4 白色； 在B中：1/16深红：4/16红：6/16中等红：4/16淡红：1/16白色 在C中：1/64极深红：6/64深红：15/64次深红： 20/64中等红：15/64中淡红：6/64淡红：1/64白色,14,红色籽粒深浅程度的差异与所具有的决定“红 色”的基因数目有关，而与基因的种类无关。 现以B组实验为例，说明种皮颜色的深浅程度 与基因数目的关系,15,设：R1r1及R2r2为两对决定种皮颜色的基因，大写字母表示“增加”红色，小写字母表示“不增加”红色，R与r不存在显隐性关系,假设每一列（直行）个体的表型相同，得到表

6、型分布结果为： 1：4：6：4：1,16,随后美国学者Edward进行了关于烟草（Nicotiana longiflore）花冠长度的遗传学研究。他将花冠的平均长度为40.5 mm和93.3 mm的纯系亲本进行杂交，F1呈中等长度，与预期的一致，但长度稍有变异，这是由环境的变化所引起的。 花冠长度的遗传若由4对基因控制，则预期F2中落在每一亲本类型中的植株的表型频率为（1/2）81/256,17,Nilsson-Ehle在小麦种皮颜色遗传的研究中总结出了下述的假说： 主要论点如下： 数量性状是由大量的、效应微小而类似的、并且可加的基因控制，这些基因在世代相传中服从孟德尔原理，即分离规律和自由组

7、合规律，以及连锁互换规律，这些基因间一般没有显隐性区别,18,不久，Johannsen（1909）提出的纯系理论补充了这一假说，即数量性状同时受到基因型和环境的作用，而且数量性状的表现对环境影响相当敏感。 这一假说的实质是数量性状由大量微效基因控制，因此也称之为多基因假说（polygene hypothesis）。Mather（1943）将这些微效基因统称为多基因系统,19,2）多基因学说的要点 数量性状是许多对微效基因（minor gene）或多 基因（polygene）的联合效应共同作用的结果。 多基因中的每一对基因对性状表型的表现所产生 的效应是微小的。多基因不能予以个别辨认，只 能按性

8、状的表现一并研究。 微效基因的效应是相等，而且相互累加。 （可称多基因为加性基因additive gene） 微效基因之间一般不存在显隐性关系。 （通常用大写拉丁字母表示增效，小写字母表示减效,20,微效基因对环境敏感，因而数量性状的表现容易受环 境因素的影响而发生较大变化，难以识别个别基因的 作用。 多基因往往有多效性。多基因一方面对于某种数量性 状起微效基因的作用，同时在其他性状上可以作为修 饰基因（改变其他基因效果的基因）而起作用，使之 成为其他基因表现的遗传背景。 多基因与主效基因（major gene）一样都由染色体所 携带，并同样具有分离、重组、连锁等性质。在个别 情况下，多基因的

9、效应不是累加而是累积的（如果实 的体积），有时，某几对基因间也表现显性，以致表 型分布呈现偏态,21,数量性状不同于质量性状，在研究方法上有下列特点： 在杂交后代中，个别或少数后裔所能提供的信息量很 少。研究的单位必须扩大到群体和许多世系才可能获得 对其遗传规律和动态变化的认识。 对个体的性状进行测量或称重，在阈性状方面则计数。 利用生物统计学的方法，计算性状的表型参数：平均 数、方差、协方差、相关系数、回归系数等等。在此基 础上进而计算遗传参数：遗传率、遗传相关系数等,22,以假想的玉米穗长的遗传模式直观地说明这一假说： （1）如果两亲本相差一对基因 P: aa（6cm） AA（18cm）

10、F1 Aa（12cm） F2 1aa : 2Aa : 1AA 频率 1/4 ：2/4 ：1/4 穗长 6cm : 12cm : 18cm 增加一个A，就相当于在短穗亲本的基础上增加 6cm,23,2）假设该性状由三对等位基因（A1a1，A2a2和A3a3） 控制，依据多基因假说，等位基因间无显性效应，非等位基因间无上位效应，基因的效应相同且可加： 如果A1A1A2A2A3A3=18cm，a1a1a2a2a3a3=12cm, 可知一个A基因的效应值（A1=A2=A3）为3cm，（6A=18) 一个a基因的效应值（a1=a2=a3）为2cm。(6a=12) 因此，每用一个a 基因替换一个 A 基因

11、，穗长将减少 1cm,24,忽略环境效应的影响，如下杂交试验的结果将是,25,将F2的各基因频率作一曲线图,26,在以上例子中： 小写字母仅仅保持一个基数，叫做无效等位基因（null alleles)；无效等位基因：不能产生野生型表现，完全失去活性的突变基因。 大写字母基因具有使数量增加的效应，每增加一个，效应加1份，基因数目越多，每份的效应越小。大写字母基因叫做有效等位基因（active alleles,27,数量性状基因数的估计 4n = F2代个体总数/ F2代中极端个体数 例如：获得子二代22016个子代，其中极端子代86个，计算所涉及的基因数。 4n = 22016/86 n=4,2

12、8,9.1.3 阈性状及其特性 阈性状(threshold character/trait )：遗传基础是微效多基因、表型是非连续变异的一类性状，是一类重要的数量性状,29,表现特点： 存在一个“阈”。阈的一侧表现一类性状，阈的另一侧表现另一类性状。如死亡与存活，中间只有一个临界点（阈值，threshold ，th），在这种情况下，个体在表型分布中只有两个值，0或1。所以，可以认为阈性状是一种超越某一遗传阈值时才表现的性状,30,阈性状是一类重要的数量性状。动、植物包括人类在内的抗病能力如“患病”或“正常”；“存活”或“死亡”；又如某些哺乳动物的前后肢的指（趾）数，多数个体有正常数目的指（趾）

13、，但少数个体可以出现多指（趾）等等，均属于阈性状。只含有一个阈值的阈性状又称为二者居一性状，或称全或无（all or none）性状。阈性状与非阈性状的数量遗传学分析的原理和方法基本相同，但在处理上有所差别,31,人类多基因遗传病有唇裂腭裂、腭裂、脊柱裂、无脑儿、先天性心脏病、精神分裂症、原发性高血压、冠心病、糖尿病、哮喘等。一般认为是由遗传因素与环境效应共同决定个体是否容易患病，这在医学遗传学中称为易患（感）性（liability）。易患性的变异是呈连续变异的，它表示人体内由基因决定的某种抗体物质的浓度差异。易患性高的个体，抗病力低，当一个个体的易患性超过一定限度阈值时，该个体即表现为“患病

14、”，性状就表达。连续分布的易患性（X）就被阈值区分出不连续的“发病”与“正常”两类，未越过阈值（俗称门闩）者属于“正常”，个体对某种多基因病的易患性高达一定水平时，即越过阈值者则为“患病”。在一定的环境条件下，阈值标志着患病所必需的最低的相关基因的数目,32,9.2 数量性状遗传分析的基本方法 9.2.1 数量性状的遗传率 9.2.2 估计遗传率的方法,33,1、平均数,2、方差,3、标准差,34,4、直线相关,5、协方差：两个相关变量（、y)，共同变异量的度量,6、回归系数,35,9.2.1 数量性状的遗传率/遗传力,1）表型方差及其分量 在群体中，遗传变异属于总的表型变异的一部分，表型变异

15、的其余部分是环境变异。 因为：总的表型变异遗传变异环境变异 所以: VP=VG+VE VP：表型方差 VG：遗传方差/基因型方差 VE：环境方差,36,如果环境与基因型有互作 则: VP=VG+VE+2COVGE 若G与E不相关 则: VP=VG+VE 因为基因型方差的组分有: 加性方差、显性方差、互作方差。 其中VG= VA+ VD 所以：VP= VA+ VD+ VI+ VE,37,VA=加性方差（育种值方差）。由于多基因的累加效应造成的遗传变异，能遗传且固定的组分。 VD=显性方差。由于等位基因间的显隐性关系而造成的一部分非加性的遗传变异，随着自交代数的增加而逐渐消失，所以能遗传但不能固定

16、，是一种杂种优势现象。 VI=互作方差。由于非等位基因之间上下位关系所产生的非加性的遗传变异，此分量也被认为能遗传而不能固定,38,2）基因型值的尺度 一对等位基因A1和A2，其频率分别为p和q，当群体平衡时，其基因型频率为： p2（A1A1）+2pq（A1A2）+q2（A2A2） 设A1A1，A1A2，A2A2的基因型值分别为a，d，-a。 基因型值的坐标,39,离差从纯合体的中点0量起，d可正可负，因而A1A2可以在0的任何一边。 0点：两纯合体基因型值的算术平均值，作为量度a和d的原点。 “a”: 表示从0点量起朝着坐标正的方向的一个增量，属于A1A1的基因型值的增量（-a正好相反）。

17、“d”: 表示杂合体的数值，取决于显性度，可正可负,40,1）无显性时d=0，表示杂合体的累加效应完全等于纯合体的平均效应。 （2）部分显性时，ad0（或-ad0）表示杂合体的累加效应与A1A1相似（或与A2A2相似），d偏于a的一边，说明A1对A2有部分显性；d偏于-a一边，则说明A2对A1有部分显性。 （3）完全显性时，d=+a或-a。当d=+a时，A1A2的表型不能与A1A1相区别；d=-a时，则A1A2的表型完全与A2A2相同。 （4）超显性时，d+a或d-a表明杂合体的表现超过了纯合体的表现。 所以，d完全是显性效应的度量。一般用d/a来表示显性度。完全显性时，显性度d/a=1,41

18、,若设：A1=5，A2=3 则A1A1=5+5=10 A1A2=5+3=8 A2A2=3+3=6 基因型值的坐标尺度应为：O点（10+6）/2=8 所以：a值=10-8=2 -a值= 6-8 =-2 d值= 8-8 =0,在此，A1 与A2没有显性（d=0)，杂合体的累加效应完全等于纯和体的平均效应,42,3)遗传力（遗传率,heritability ） 所谓遗传力就是遗传变量在总的表现变量所占的比值，通常用百分率（%）来表示。 广义遗传力（broad heritability,H2） 指数量性状基因型方差占表型方差的比例，用公式表示为： H 2=基因型方差/表型方差100VG /VP100

19、因为：VP VGVE 所以：H 2VG /VP100VG /（VGVE）100 通过广义遗传力的估计，可以了解一个性状受遗传效应影响有多大，受环境效应影响多大,43,如果环境变量小，遗传力就高，表示表现型变异大都是可遗传的，也说明这个性状的遗传力传递力比较强；相反，当环境变量较大时，遗传力就小，表示表现型变异大都是不遗传的，说明了这个性状的遗传传递力比较弱。因此，遗传力的大小，变成亲本和后代之间遗传关系的一个度量；或者说，遗传力的大小也可作为估算不同性状的遗传传递强弱的一个指标,44,狭义遗传力（narrow heritability，h2） 指数量性状育种值方差（加性方差）占表型方差的比例。

20、 h2 = 育种值方差（加性方差）/表型方差100 =VA /VP100 由于育种值是从基因型效应中已剔除显性效应和上位效应后的加性效应部分，在世代传递中是可以稳定遗传的，因此它在育种上具有重要意义,45,某数量性状的遗传率大，说明在该数量性状的表现中，由遗传所决定的比率较大，环境对它的影响较小。通常，与生物适应性无关的性状往往比与适应性有关的性状的遗传率要高一些。见几种动、植物包括人类的某些数量性状的遗传率（表9-1,46,9.2.2 估计遗传率的方法 （1）通过杂种第二代（F2）估测遗传力（广义遗传力） 首先以一对等位基因为例，然后推广到多个基因座。 设：群体中有A1、A2基因。亲代的基因

21、型为A1A1、A2A2，其F1只有一种基因型A1A2和一种表型，故基因型平均值为。F1自交后得到F2，在F2群体中由于3种可能的基因型在群体中有不同的频率，计算平均效应时，应将各基因型按各自的频率作加权平均。得下表,47,F2群体中： 基因型平均数： X=fx/f=fx =1/4 a+2/4d+（-1/4 a） =1/2d （f=1,48,如果控制同一性状的基因有n对，这些基因又相互连锁，它们的作用是相等而相加的，并假定它们之间不存在相互作用。则F2的基因型方差为,设 则：VG（F2）=1/2 A+ 1/4 D,其中：1/2 A和1/4D，分别定义为加性方差和显性方差，若考虑环境方差VE，则F

22、2的表型方差：VP（F2）=VG+VE=1/2 A + 1/4 D +VE由此可见：F2表型方差可分为3部分：即加性（育种值）方差分量、显性方差分量和环境方差分量,49,在F2表型方差中，VG不能直接估算，但可以通过间接的方法得到，这就是由混合基因型的群体（F2群体）的方差减去基因型一致的群体（亲代群体以及它们所产生的F1群体）的方差，可得VG的估计,50,一个重要原理：如果用来作为亲本的（父本和母本）基因型一致，则它们的表型方差全部由环境因素所造成的，因为群体中VG=0，而由它们所产生的F1群体中基因型在每一个个体中都相同，因而VG亦等于0。于是我们称这一类群体为基因型一致的群体，它们的表型

23、方差就完全等于环境方差。 具体计算VE时有下列几种途径： VF1VE （VP1VP2）/2VE 1/3(VF1+VP1+VP2)=VE,51,2）通过杂种一代（F1）分别与亲本回交获得的回交的子代（即B1、B2）来估测遗传力 B1：F1个体A1A2P1（A1A1）的回交子代 B2：F1个体A1A2P2（A2A2）的回交子代 B1的遗传方差的估算： A1A2A1A1回交的后代B1是1/2 A1A1，1/2 A2A2， n=1/2 + 1/2 =1 A1A1的平均效座是-a，A1A2的平均效座是d， B1的平均值 =1/2（-a+d）=1/2（d-a） 根据 求B1遗传方差,52,53,54,55

24、,3）人类疾病遗传率的估计 计算多基因遗传病遗传率的高低在临床上有一定意义。有两种常用计算人类发病率遗传率的方法： 1）从群体和患者亲属发病率估计遗传率 Falconer于1965年提出如何从群体和患者亲属发病率中估计多基因遗传病遗传率的方法，这是因为患者一级亲属的发病率与遗传率有关,56,Falconer公式：h2=b/r b=(Xg-Xr)/ag b 回归系数； r 亲缘系数； Xg 一般群体易患性平均值与阈值之间的标准差； Xr先证者亲属易患性平均值与阈值之间的标准差； ag一般群体易患性平均值与一般群体中患者易患性 平均值之间的标准差。 X, a均可查Falconer表（表9-2）得出

25、,57,58,59,60,2）从双生子的发病一致率估计遗传率,其中，CMZ表示一卵双生子的同病率，CDZ表示二卵双生子的同病率,61,例2 在对躁狂抑郁性精神病15对单卵双生子中的调查，发现共同患该病者有10对，在40对双卵双生子中，共同患该病者有2对。分别算得其同病率为67%和5% ，代入下式求得该病的遗传率,62,63,9.2.3 QTL及其应用 经典的数量遗传分析方法只能分析控制数量性状表现的众多基因的综合遗传效应，无法准确鉴别基因的数目、单个基因在染色体上的位置和遗传效应。 （1）QTL的概念 Quantitative trait loci: QTL 数量性状位点 在数量遗传中所分析的

26、某个QTL只是一个统计的参数它代表染色体（或连锁群）上影响数量性状表现的某个区段，它的范围可以超过10cM，在该区段可能会有1个甚至多个基因,64,2） QTL作图原理和步骤 一个数量性状往往受多个QTL影响，这些QTL分布于整个基因组的不同位置。利用特定的遗传标记可以确定影响某一性状的QTL在染色体上的数目、位置及其遗传效应，这就是QTL作图（QTL mapping）也称作QTL定位,65,1）用于QTL定位的遗传标记 包括形态标记、细胞学标记、生化标记、DNA标记 2）用于QTL定位的分子标记连锁图谱 如果分子标记覆盖整个基因组，控制数量性状的基因(Qi)两侧会有相连锁的分子标记(Mi_和

27、Mi+)。这些与数量性状基因紧密连锁的分子标记将表现不同程度的遗传效应。分析这些表现遗传效应的分子标记，就可以推断与分子标记相连锁的QTL的位置和效应,66,QTL作图的基本原理：利用特定遗传分离群体中的遗传标记及相应的数量性状观测值，分析遗传标记和性状之间的连锁关系。如果分析结果证明某个遗传标记与性状连锁，则可认定在该标记附近存在一个或几个QTL。分析一个性状与已知连锁图的一系列标记之间的连锁关系，即可确定存在多少个QTL及这些QTL在标记图谱上的位置。需要注意的是QTL作图中的连锁分析与质量性状不同，不能直接计算遗传标记和QTL之间的重组率，而是采用统计学方法计算它们之间连锁的可能性（LO

28、D值），依据这种可能性是否达到某个阈值来判断遗传标记和QTL是否连锁，并进而确定其位置和效应,67,以单标记和单基因为例（如图） 若标记M与性状Q无连锁（左图），则不同的M标记基因型（MM、Mm、mm）所对应的Q基因型（QQ、Qq、qq）比例分布相同(均遵循孟德尔规律)，因此3种M标记基因型所对应的Q性状平均值会相等；若标记M与Q存在连锁（右图），不同的M标记基因型所对应的Q基因型比率分布会受M标记连锁影响发生改变，因此3种M标记基因型所对应的Q性状在平均数上有差异，这是数量性状定位的最基本原理,68,3）QTL定位的过程 构建作图群体。 适于QTL定位的群体应该是待测数量性状存在广泛变异，多

29、个标记位点处于分离状态的群体，这样的群体一般是由亲缘关系较远的亲本间杂交，再经自交回交等方法进行人工构建的。如用高株X矮株，或早熟期X晚熟期等，常用的群体有,69,F2群体 回交（BC）群体 双单倍体群体（doubled haploids，DH，即加倍的单倍体 群体） 重组近交系（recombinant inbred lines，RIL，由F1连续多 代自交产生）群体等。 其中DH群体和RIL群体的分离单位是品系，品系间存在遗传差异而品系内个体间基因型相同，自交不分离，可以永久使用,70,确定和筛选遗传标记 理想的作图标记应具有4个方面的特征： 数量丰富。标记覆盖整个基因组； 多态性好。个体或

30、亲代与子代之间有不同的基因型； 中性。同一基因位点的各种基因型都有相同的适应 性，以避免不同基因型间的生存能力差异引起的试 验误差； 共显性。以保证直接区分同一基因位点的各种基因型,71,形态标记数量有限，通常不表现中性和共显性； 蛋白质标记可以满足中性和共显性，但它们又有数量不足或多态性不好的缺点。 分子标记容易具备上述4个特征，已成为目前应用最广泛的作图标记。 常用的分子标记有RFLP，AFLP，RAPD， SSR VNTR（variable number of tandem repeat可变数目串联重复）等,72,检测分离世代群体中每一个体的 标记基因型值和数量性状值 从作图群体中抽样提

31、取DNA做分子标记检测，记录每个被测个体的标记基因型。若标记的遗传图谱未知，还需要先依据各标记基因型分离资料制作标记的连锁图。 由于各种分子标记最后显示的都是电泳分离的带谱，所以个体的标记基因型需要将每个标记的带纹与亲本比较并赋值来记录，例如在共显性情况下，两个纯合亲本各显示1条带，杂合体同时显示双亲的2条带。作图群体中应含有Pl、P2和杂合型3种带型，这3种带型即代表某一分子标记的3种基因型。如果将含有P1带型的个体赋值为1，P2带型赋值为3，杂合体赋值为2，即可得到数据化的分子标记基因型。在此基础上才能进行分子标记遗传图谱的制作和QTL图谱制作,73,测量数量性状 在检测作图群体的每个个体

32、的标记基因型值的同时，测定其数量性状值。将每个个体的数量性状表现型值和分子标记基因型值按顺序列表(表8-6)，就形成了后续分析的基本数据,74,75,统计分析 用统计方法分析数量性状与标记基因型值之间是否存在关联，判断QTL与标记之间是否存在连锁，确定QTL在标记遗传图谱上的数目、位置，估计QTL的效应,76,3、QTL分析的应用前景 QTL分析的应用主要有3个方面： 由QTL定位得到的遗传图谱可以进一步转换成物理图谱，对QTL进行克隆和序列分析，在DNA分子水平上研究决定数量性状基因的结构和功能，进而应用基因工程的手段来操纵QTL,77,用于标记辅助选择。在动植物育种上，利用标记与QTL的连

33、锁，在实验室内对数量性状变异提早进行识别与选择。经鉴定为不良基因型的可立即淘汰，为优良基因型的利用来繁殖下一代，可以提高选择效率和精度。与传统方法相比，标记辅助选择对回交育种引入隐性有利基因、剔除非轮回亲本不利连锁基因更为快速有效，可以较少世代数完成目的基因的转育,78,利用标记与QTL连锁分析可以提供与杂种优势有关的信息，鉴定与杂种优势有关的标记位点，确定亲本在QTL上的差异，可以有效地预测杂种优势,79,9.3 近亲繁殖与杂种优势 9.3.1 近交及其遗传学效应 9.3.2 杂种优势及其遗传理论,80,9.3.1 近交及其遗传学效应 (1) 非随机交配 理想群体假设群体中的交配是随机的，但

34、很多群体对于某些性状而言交配并不是随机的。当非随机交配发生时基因型存在的比例就难以用哈迪温伯格定律来进行估计。 一类非随机交配是正选型交配(positive assortativemating) 即带有相似表型的个体优先交配。 在自然群体中这种情况较为普遍。例如人类的选择性就很高。高个子女人和高个子男人婚配，矮个子女人与矮男人婚配都比较常见，比随机频率要高,81,一类是负选型交配（negative assortativemating） 是不相同表型的个体交配的概率要大于随机交配。 情况和上面的例子相反。正选型交配和负选型交配的类型都不会影响群体的基因频率，但他们可能会影响基因型频率。 另外两种

35、非随机交配的类型是： 近交（inbreding）和远交（outbreeding） 近交涉及到亲属间优先交配，实质是对亲属关系的正选交配。远交是非亲缘关系优先交配，实质上是负选交配,82,近交大部分是属于自交，这多发生在自花受粉的植物和少数自体受精的动物中，如某些种类的蜗牛。 自交会影响到基因频率的改变，可以促进等位基因的纯合。 近交（inbreeding）：有亲缘关系的个体相互交配，繁殖后代。 自交（self-fertilization）：是近交的一种极端形式，它是某些植物进行繁殖的一般方式,自交的结果：纯合体的频率增加， 杂合体的频率减少,83,2）近交使基因纯合，杂交使基因杂合 群体中Aa

36、的基因型频率随同按Hn12Hn1的规律每代减 少前一代的12而迅速递减，其极限值为0 同型交配群体中纯合体基因型频率每代都有增加,其频率各占1/2 完全同型交配的群体中的基因频率并没有改变,84,在家养动物近交过程中，由于近交个体有限，加上严格的选择。因此，实际上基因频率会发生显著变化，这并非近交自身的遗传效应，而是遗传漂变和选择作用的结果。 杂交的遗传效应则使基因杂合，增加杂合体的频率。杂交实质上是纯合子间的异型交配，子代必然都是杂合体,85,近交效应： 增加后代群体的纯合度 亲缘关系越近的个体近交，其后代纯合体比率就上升越快，如每代进行同一类型的近交，自交6代后纯合子的比率可达成100%。

37、 衰退现象的出现 由于纯合子比率增加，使原来处于杂合状态被掩盖的隐性性状得以表现，表现为生活力、繁殖力下降。抗病力下降等，如植物白化的出现。 对于人类，近亲结婚导致基因纯合化，使隐性遗传病发病率上升。例如：半乳糖血症，表兄妹结婚后代发病率为非近亲结婚时的19倍,86,3）近交系数与亲缘系数 近亲婚配是指两个配偶在几代之内曾有共同祖先。一般追溯到四代，即在曾(或外曾)祖父母以下有共同祖先者均属近亲。有这种亲缘关系的人的婚配称为近亲婚配（consanguineous marriage，inbreeding）。 近婚系数是指有亲缘关系的配偶，他们从共同祖先得到同一基因，又将这同一基因同时传递给他们子

38、女使之成为纯合子的概率,87,近交系数（coefficient of inbreeding,F或f）: 个体在一个特定的基因座位上接受两个遗传上或者说血缘上相同的等位基因的概率。 或：个体从其双亲共同祖先得到一对遗传上是等同的纯合基因的概率。 它反应了亲缘关系相近程度，用F表示。 若某个体的F大，说明其父母亲缘关系近 若F=0，说明其双亲无亲缘关系,88,计算公式,其中，K：某个体S的父母的共同祖先数 ni：为第i通道上SPi 第 i 个共同祖先S的步数 Fi：为 Pi 的近交系数 F 近交系数是度量个体近交程度的重要遗传参数,89,具有一个或一个以上共同祖先的个体称为亲属，最基本而又最为重要

39、的亲属关系是亲子关系，即亲代（父、母）与子女的关系。 两个个体亲缘程度的度量，定义为亲缘系数（coeffientof relationship, R）。亲缘系数愈大，亲缘关系愈近。亲缘系数为0，则可认为个体（X、Y）间在近期几个世代内没有共同祖先,90,4）运用通径分析方法计算近交系数和亲缘系数 Wright（1921）提出通径分析（path analysis）原理与方法 通径与通径链 在一个相关变量的网络系统中， 连接“原因”与“结果”的每一个单箭 头线条称为一条通径（path） 因果关系: 单箭头线，方向由“因”到“果”，称为通径线,91,通径线的系数称为通径系数：每一条通径中的“原因”对

40、于某一个“结果”所起作用的相对大小，用通径系数（path coefficient ）表示。即度量各“原因变量”对“结果变量”的直接影响的系数称为通径系数。 由一条或一条以上的通径所组成的完整的通道称为通径链,92,例如，在图9-4中，个体A、B 为“原因变量”（以 表示），个体X、Y 为“结果变量”（以表示）。由“因”A、B指向“果”X、Y的单箭头分别为4条通径，而连接个体A、B与个体X、Y的有两条通径链即：由XAY及XBY。显然该通径图（图9-5）即由具有同父、同母的全同胞系谱图（图9-4）转换而成,93,通径分析证明，在随机交配群体中个体世代的每一条通径的通径系数1/2。而各类亲属关系的特

41、定个体X、Y间的亲缘系数,其中RXY表示X、Y个体的亲缘系数，L表示沿着某两个特定亲属间（X、Y间）的连接通径链条中的箭头数，表示所有这类链条之和,在图9 -5通径图中由XAY及由XBY两条通径链连接X、Y两个特定个体（以表示），一条经过共同祖先A，另一条经过共同祖先B，而A、B两个个体不存在共同祖先，所以属随机婚配，则有,94,求表（堂）兄妹间的亲缘系数（图9-6及图9-7）,连接两个特定亲属间的两条通径链条中各有4个箭头：ECADF及ECBD F。所以表（堂）兄妹的亲缘系数为： REF(1/2)4+(1/2)42(1/2)41/8,依通径分析原理所推导的近交系数（FX）的通式： FXRSD

42、12 （2） 该式表示在系谱中可追溯的最近的共同祖先是随机婚配的（如图9-4，5，6，7中的A、B个体），所以共同祖先的亲缘系数为零，个体X的近交系数是其双亲亲缘系数的12,95,当我们计算图97中表（堂）兄妹婚配的子女（X）的近婚（交）系数时： FXREF1/2 1/8 1/2 1/16,通径分析方法计算近交系数的另一公式为： FX（1/2）n1n21 令n1n21N时，则有: FX（12）N （3） 其中表示各条通径链的数值求和，N 表示一条连接通径中包括X的双亲在内的个体数，运用上式时，只需从个体X的一个亲本出发逐代向上追溯，经过共同祖先再逐代往下寻找，一直回到另一个亲本的链条中总共所经

43、历的个体数,96,由图9-9可见：由JGCADH的通径链中包括6个个体，由JGCBDH的通径链中也包括了6个个体，由X的一个亲本（J）出发逐代向上追溯，经过共同祖先（A，B）再逐代往下沿箭头寻回到另一个亲本（H），总共经历了两条通径链。 根据（3）式，得： FX(1/2)6 + (1/2)61/32 或根据（1）式先求： RJH= (1/2)5 + (1/2)5116 然后依（2）式可求： FXRJH1/21161/2132,97,98,5）近交降低群体基因型值的平均值，杂交则提高群体均值 （6）近交使群体分化，杂交使群体一致 （7）近交与人工选择相结合是提高杂种优势的重要手段之一 通过人工选

44、择保留理想的纯合体，近交与人工选择结合能较快地加大群体间基因频率的差异，因而也成为提高杂种优势的有力手段。玉米自交系间杂种优势比品种间杂种优势高，因为自交系是通过连续自交使双亲基因型的纯合程度都很高，F1群体的基因型才能具有整齐一致的异质性，表现明显的优势。玉米双杂交育种是杂种优势在农业生产中应用的典范,99,9.3.2 杂种优势及其遗传理论 1. 杂种优势（heterosis）： 是指两个遗传组成不同的亲本杂交产生的杂种一代（F1），在生长势、生活力、繁殖力、适应性以及产量和品质等性状上比双亲优越的现象。利用杂种第一代这种超亲现象，以获得更大的经济效益，称为杂种优势利用,100,101,2.

45、杂种优势表现的特点： (1) 杂种优势的复杂多样性。 杂种优势的表现因组合不同、性状不同、环境条件不同而呈复杂多样性。 (2) 杂种优势强弱和亲本性状的差异及纯度密切相关。 在双亲亲缘关系和性状有一定的差异的前提下，亲本的纯度愈高，则杂种优势愈强。 (3) F2及以后世代杂种优势衰退。 例：aaAAF1 （Aa）AaAaF2 (1AA: 2Aa: 1aa) 只有一半的杂合基因型个体表现为杂种优势，另一半纯合个体基因型的性状趋向双亲，不表现杂种优势。因此杂交种只能种植一代，必须年年制种。 (4) 细胞质对F1杂种优势的影响,102,3.显性说（dominance hypothesis）: 异花授

46、粉的植物和异体受精的动物，杂合性程度很高，隐性的有害基因，近亲繁殖或自交，后代逐渐纯合化，分离出形态和生理状况不良的个体，使它们的生活力减退，适应度降低。所以近亲繁殖带来的不良效应和衰退是由于原来处于杂合性状的基因发生分离的结果。 若双亲对很多座位上的不同等位基因是纯合体，形成杂种后，显性的有利基因的效应集积起来，而隐性有害基因的作用被遮盖起来，出现了明显的优势,103,即：杂种优势是双亲的显性基因集中在杂种中所引起的互补作用 P AAbbCCDDee aaBBccddEE F1 AaBbCcDdEe(出现杂种优势,104,4.超显性说（overdominancehypothesis）: 1918年提出基因处于杂合态时比两个纯合态都好 P a1a1b1b1c1c1d1d1e1e1a2a2b2b2c2c2d2d2e2e2 F1 a1a2b1b2c1c2d1d2e1e2(出现杂种优势) 该假说认为同基因座杂基因间及不同基因座之间，是复杂的互作关系，而不是显隐性关系，杂种优势的形成来源于基因的互作，其中包括同基因座在杂合状态下基因之间的互作和不同基因之间的基因互作（亦称上位性互作）。在杂合状态下，基因表达水平可大大超过纯合状态的基因表达水平。由于基因型在杂合状态下的性状表现超过基因型在显性情况下的表现，故称为超显性现象,105,Thanks,遗传学 第九章 数量性状遗传分析